Dieses organische Material enthält Stickstoff-Verbindungen. Mikroorganismen zersetzen dieses biologische Material unter Verbrauch von Sauerstoff und setzen dabei den enthaltenen Stickstoff als Ammonium bzw. giftiges Ammoniak frei. Ab einem pH-Wert von 8,5 liegt davon so viel als Ammoniak vor, dass es für Fische bedrohlich ist. Das pH-Optimum liegt zwischen 7–8.
Die nitrifizierenden Bakterien, z. B. Bakterien der Gattungen Nitrosomonas und Nitrobacter, oxidieren Ammonium und das giftige Ammoniak unter ausreichend sauerstoffreichen Bedingungen zu Nitrat (Nitrifikation). Dieses Endprodukt des Eiweißabbaus ist wichtiger Nährstoff unserer Aquarienpflanzen und für unsere Fische ungefährlich.
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